By this author

Transcriptional Coactivator BOB1 (OBF1, OCA-B) in Autoimmune Diseases

Issue number 2 from 01.03.2023

Аутоиммунные заболевания, несмотря на значительные усилия биомедицины на протяжении уже нескольких десятилетий, продолжают оставаться по большей части неизлечимыми и, более того, плохо понятыми с точки зрения молекулярных механизмов их возникновения и развития. Общепризнано, что в основе этих заболеваний лежит сбой в работе адаптивной иммунной системы, главным атрибутом которого являются аутореактивные B- и Т-лимфоциты. Ряд экспериментальных данных, накопленных за последние несколько лет, свидетельствуют о ключевой роли транскрипционного коактиватора BOB1 в появлении аутореактивных лифоцитов. Постулировано, что BOB1 влияет на транскрипцию и локальный эпигенетический статус хроматина опосредованно, а именно через селективное взаимодействие с ДНК-связывающими POU-доменными транскрипционными факторами – экспрессирующимся во всех клетках OCT1, и специфическим для В-клеток OCT2, стабилизируя связывание этих OCT-факторов с ДНК. В обзоре приведены последние сведения о проаутоиммунной активности BOB1, обозначены перспективы использования этого белка в качестве мишени при разработке фармацевтических препаратов, нацеленных на лечения ряда аутоиммунных заболеваний.

36 0

EMSA-SELEX-seq method for analysis of binding site sequences in DNA-protein complexes

Issue number 3 from 15.05.2024

Белок BOB1 (OBF1, OCA-B) представляет собой траскрипционный коактиватор двух POU-доменных белков: экспресирующегося во всех клетках OCT1 и лимфоид-специфического OCT2. Взаимодействие BOB1 с OCT1/2 играет важную роль в регуляции иммунных ответов как в физиологическом, так и в патологическом контексте. Известно, что BOB1 образует тройной комплекс с OCT1/2 связанных с ДНК в мономерных и определенных димерных конфигурациях, меняя сиквенс-специфичность такого связывания. Для анализа последовательностей ДНК из этих комплексов в настоящей работе нами предложен метод EMSA-SELEX-seq, основанный на разделении OCT/BOB1 комплексов различного состава в неденатурирующем полиакриламидном геле (EMSA) с последующим выделением и амплификациией содержащихся в них олигонуклотидов (SELEX). На основании нескольких раундов такого обогащения с последующим NGS-секвенированием и биоинформатическим анализом были определены ДНК-последовательности и подтверждена релевантность данного подхода. Таким образом, предложенный метод EMSA-SELEX-seq позволяет проводить анализ последовательностей ДНК в сложных ДНК-белковых комплексах с различающейся мерностью его белковых компонентов.

36 0