By this author

EMSA-SELEX-seq method for analysis of binding site sequences in DNA-protein complexes

Issue number 3 from 15.05.2024

Белок BOB1 (OBF1, OCA-B) представляет собой траскрипционный коактиватор двух POU-доменных белков: экспресирующегося во всех клетках OCT1 и лимфоид-специфического OCT2. Взаимодействие BOB1 с OCT1/2 играет важную роль в регуляции иммунных ответов как в физиологическом, так и в патологическом контексте. Известно, что BOB1 образует тройной комплекс с OCT1/2 связанных с ДНК в мономерных и определенных димерных конфигурациях, меняя сиквенс-специфичность такого связывания. Для анализа последовательностей ДНК из этих комплексов в настоящей работе нами предложен метод EMSA-SELEX-seq, основанный на разделении OCT/BOB1 комплексов различного состава в неденатурирующем полиакриламидном геле (EMSA) с последующим выделением и амплификациией содержащихся в них олигонуклотидов (SELEX). На основании нескольких раундов такого обогащения с последующим NGS-секвенированием и биоинформатическим анализом были определены ДНК-последовательности и подтверждена релевантность данного подхода. Таким образом, предложенный метод EMSA-SELEX-seq позволяет проводить анализ последовательностей ДНК в сложных ДНК-белковых комплексах с различающейся мерностью его белковых компонентов.

36 0